Amasya’nın Merkez ilçesindeki Hacı İlyas Mahallesi’nde konumlanan II. Bayezid Külliyesi, 1485-1486 tarihleri arasında II. Bayezid’den talimat alan ze inşa ettirilmiş. Günümüzde elimizde olan tarihi belgelere göre, bu yapının imaret olarak bilinen kısmı ilk inşa edildiğinde yemekhane, ahır, mutfak, kiler ve fırın olmak üzere beş farklı bölüme sahipmiş. Ancak külliyeden günümüze yalnızca imaret, cami ve medrese bölümleri ile 19. yüzyılda inşa edilen şadırvan ve muvakkithane kısımları ulaşabilmiş.
II. Bayezid Külliyesi’nde bulunan cami, zaviyeli ve yan mekanlı mimarinin en nadide örneklerinden biri olarak kabul ediliyor. Caminin iki kare mekanı tam ortadan geçen büyük bir kemerle ayrılırken, yan mekanlarda da üçer kubbe bulunuyor. Orta mekanda ise ziyaretçileri, kasnaklarında on altışar pencere yer alan iki kubbe karşılıyor. Kubbelerin hem kemerlerinin hem de pencerelerinin üstü zengin kalem işleriyle bezeli. Ayrıca, ahşaptan yapılan pencerelerin kanatları, 15. yüzyılda uygulanan Kündekâri tekniğinin müthiş örneklerini sergiliyor.
II. Bayezid Külliyesi’ndeki caminin son cemaat yerinde bulunan pencereler, beyaz ve mavi renklerle işlenmiş çini panolarla bezenmiş. Cami avlusunun tam ortasında bulunan şadırvan da güzelliğiyle ziyaretçilerini büyülüyor. 12 kenarlı ve 12 sütun üzerine kurulu olan bu şadırvan, beş asırdan uzun süredir varlığını koruyan devasa çınar ağaçlarıyla gölgeleniyor. Caminin batı tarafında U planla inşa edilmiş bir medrese mevcut. Caminin doğusunda imaret, kuzeybatı tarafında da bir muvakkithane bulunuyor.
