Fatih Sultan Mehmet’in Topkapı Sarayı sınırları içinde inşa ettirdiği ilk yapı olan Çinili Köşk, Arkeoloji Müzesi’nin tam karşısında kalan iki katlı yazlık bir köşk. 1472 yılında inşa edilen bu görkemli yapı, aynı zamanda Osmanlı döneminde İstanbul’da yaptırılan en eski sivil mimarlık örneklerinden biri olarak varlığını koruyor. Köşkün eyvanlı terası ve kesme çinilerle süslenen dekorasyonu, mimari açıdan Selçuklu’dan etkilendiğini de gösteriyor. Çinili Köşk, 1875 ile 1891 yılları arasında İmparatorluk Müzesi, diğer ismiyle Müze-i Hümayun olarak kullanılmış. Ancak 1953 yılında Fatih Müzesi’ne dönüştürülmüş ve içinde Türk İslam tarihinden eserler sergilenmeye başlanmış. 1981 yılında da İstanbul Arkeoloji Müzeleri’nin bir parçası haline gelmiş.
Çinili Köşk, toplamda altı oda ve bir salondan oluşuyor. Köşkün içinde hem Selçuklu hem de Osmanlı dönemlerine ait seramikleri ve çinileri görmek mümkün. Müze bünyesinde -depolarda bulunanları da sayarsak- yaklaşık iki bin eser mevcut. Selçuklu dönemine ait eserler girişin solunda kalan odada, İznik eserleri orta salonda, Kütahya eserleri Gülhane Parkı cepheli köşe odada, Çanakkale eserleri ise dışarıya açılan sağ eyvanda sergileniyor. Özellikle 16. yüzyıla tarihlenen İznik çinileri, müze ziyaretçileri tarafından yoğun ilgi görüyor.