Alibey Adası’nın, daha yaygın ismiyle Cunda Adası’nın turistik açıdan en popüler duraklarından biri, Cunda Taksiyarhis Rahmi M. Koç Müzesi. Günümüzde müze olarak ziyaretçilerini ağırlayan bu yapı, 1873 yılında Rum Ortodoks cemaati tarafından Anakent (Metropol) Kilisesi olarak geçmişte burada bulunan temellerin üzerine inşa edilmiş. Bu dönemde Cunda’nın nüfusunun yaklaşık 8-10 bini, yani çoğunluğu Rumlardan oluşuyormuş. İnşa edilen bu kilisenin de adı Taksiyarhis olarak belirlenmiş. Bu isim, kilisenin Koruyucu Baş Melekler Mikail ve Cebrail’in adına yapıldığını gösteriyormuş. Günümüzde hâlen Cunda’nın en önemli anıt yapısı olma unvanını taşıyan bu kilise, neo klasik mimari üslubun izlerini taşıyor. Bazilika tipinde ve dikdörtgen planla inşa edilen yapı, tek kubbeye ve iki çan kulesine sahipmiş. Ancak çan kulelerinden yalnızca biri günümüze dek ayakta kalabilmeyi başarmış.
Taksiyarhis Kilisesi, 1927 ile 1928 yılları arasında minaresi olmayan bir camiye dönüştürülmüş. Bu esnada kilisedeki tasvirlerin üzeri boyayla kapatılmış, ikona da sökülmüş. 1944 yılında gerçekleşen deprem kiliseyi büyük hasara uğratınca, bu tarihi yapı da kaderine terk edilmiş. Ancak 1976 yılında Ayvalık civarındaki neredeyse 18 bin dönümlük alan tarihi ve doğal sit alanı ilan edilince, kilise de Bursa Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu tarafından tescil edilmiş. 2011 yılında Vakıflar Meclisi tarafından alınan karar sonucunda, kilise binası restore edilmek üzere Rahmi M. Koç Müzecilik ve Kültür Vakfı’na devredilmiş. 2014 yılından beri Ayvalık Rahmi M. Koç Müzesi ismiyle ziyaretçilerini ağırlayan bu yapı, uygulanan kapsamlı restorasyon çalışması sayesinde eski görkemine ve etkileyiciliğine kavuşmuş durumda.