Karamanoğulları Beyliğinden Yahşi Bey tarafından 1336 yılında yaptırıldığı bilinen Aksaray Zinciriye Medresesi, Selçuklu mimarisinin eşsiz örneklerinden biridir. Farklı bir görüşe göre ise Zinciriye Medresesi'nin yine Karamanoğulları Beyliği zamanında, Sultan Mirza Halil Bey döneminde 1337 tarihinde inşa edildiği düşünülmektedir. Bölgede bulunan kesme taşlar ve tuğla kullanılarak yapılan medrese, dört eyvanlıdır. Geleneksel açık avlulu medrese planı düzeninde inşa edilmiş ve Selçuklu geleneğini yansıtan motifleriyle işlenmiş, kemerler bitkisel ve geometrik biçimlerle süslenmiştir. Bu kemerlerin sayısı sekiz adet olup üzeleri tonoz örülmüştür.
Medreseye giriş doğudaki taç kapıdan yapılmaktadır. Bu kapı içeri doğru oyularak yapılmış mihrapçıklarla süslü, basık kemerlidir. Orijinalinde bulunan ve yıkılmış olan kubbe yeniden yapılmış, bu işlem için üzeri tuğla ile örülmüş ve taş kaplanmıştır. Toplamda 8 odası bulunan binanın odalarından ikisinin üzeri kubbe ile örtülmüştür. Diğer odaların üzeri tonoz kaplıdır.
Zinciriye Medresesi, kültür tarihimizde derin izler bırakan önemli eğitim kurumlarından biri olarak ünlenmiştir. Burada yetişmiş çok sayıda ilim insanı Anadolu ve Türk kültürüne yön veren gelişmelere katkıda bulunmuşlardır. Medresede özellikle hadis, tefsir, fıkıh, ahlak, edebiyat ve tıp dallarında eserler yazan Cemaleddin Aksaray-i, bu medresenin ilk hocalarındandır. Bölgede başka bir örneği bulunmayan bu heybetli güzel medresenin mimarı konusunda bir bilgiye ulaşılamamıştır. Uzun bir dönem medrese olarak kullanılmaya devam eden Zinciriye, bir dönem hapishane ve 1973 yılında medrese Aksaray Abidelerini Koruma Derneği’nin çabalarıyla müzeye dönüştürülmüştür. Aksaray şehir merkezinde konumlanmış medreseye ulaşmak oldukça kolaydır. Günümüzde sosyal amaçlı faaliyetler için kullanılan Zinciriye Medresesi Aksaray’ın en çok ziyaret edilen yerlerinden biridir.